A vakcinák biztonságosak. Minden vakcinát szigorúan tesztelnek több fázisú preklinikai és klinikai vizsgálatokban, mielőtt jóváhagyják felhasználásra, és biztonságosságukat rendszeresen újraértékelik, azután is, hogy forgalomba kerültek. A szakemberek folyamatosan figyelik a különböző forrásból származó információkat, hogy van-e bármi jele annak, hogy egy vakcina súlyos nemkívánatos eseményt okozhat. A legtöbb oltási mellékhatás általában enyhe és átmeneti, például fájdalom az oltás helyén vagy hőemelkedés, láz. Abban a ritka esetben, amikor súlyos mellékhatást jelentenek, azt azonnal kivizsgálják.

Sokkal valószínűbb, hogy egy oltással megelőzhető betegség következtében ér valakit súlyos egészségkárosodás, mint az, hogy egy oltástól. Például poliovírus fertőzés esetén a betegség bénulást, a kanyaró agyvelőgyulladást és vakságot okozhat, egyes oltással megelőzhető betegségek pedig akár halállal is végződhetnek. A védőoltások előnyei nagymértékben meghaladják a kockázatokat, sokkal több betegség, járvány és haláleset következne be védőoltások nélkül.